Можно попробовать

В 6.1. объединять мутации не просто в namespace-типы, которые возвращают {} (что приводит к тому, что корень - пустой объект), а делегировать логику по "поиску" объекта, над которым будет произведена мутация, этому самому namespace-типу?

То есть:

mutation {
  post(id: 4) {
    like { ... }
  }
}

И, например, если поста с id 4 не существует, то просто возвращаем null на post и на этом мутация завершится, избавив нас от потенциальных багов.

А что, если...

Возвращать тот самый namespace тип в качестве поля результата мутации? Мы получим чейнинг :)

mutation {
  post {
    create(...) {
      ...
      post { // Здесь мы имеем дело с только что созданным постом
        like { ... }
      }
    }
  }
}

Таким образом мы можем проделать некие операции с только что созданной сущностью, не совершая лишних запросов с одной стороны и не плодить всевозвожные комбинации мутаций в схеме, тем самым делая её чище.