diff --git a/.changeset/add-untracked-detection.md b/.changeset/add-untracked-detection.md
new file mode 100644
index 0000000..7439827
--- /dev/null
+++ b/.changeset/add-untracked-detection.md
@@ -0,0 +1,21 @@
+---
+"@tktco/create-devenv": minor
+---
+
+push コマンドにホワイトリスト外ファイル検知機能を追加し、モジュール定義を外部化
+
+### ホワイトリスト外ファイル検知
+- push 時にホワイトリスト（patterns）に含まれていないファイルを検出
+- モジュールごとにグループ化して選択UI を表示
+- 選択したファイルを modules.jsonc に自動追加（PR に含まれる）
+- gitignore されているファイルは自動で除外
+
+### モジュール定義の外部化
+- モジュール定義をコードから `.devenv/modules.jsonc` に外部化
+- テンプレートリポジトリの modules.jsonc から動的に読み込み
+- `customPatterns` を廃止し modules.jsonc に統合
+
+### ディレクトリベースのモジュール設計
+- モジュール ID をディレクトリパスベースに変更（例: `.devcontainer`, `.github`, `.`）
+- ファイルパスから即座にモジュール ID を導出可能に
+- モジュール間のファイル重複を構造的に防止
diff --git a/.devenv/modules.jsonc b/.devenv/modules.jsonc
new file mode 100644
index 0000000..58dc5c0
--- /dev/null
+++ b/.devenv/modules.jsonc
@@ -0,0 +1,53 @@
+{
+  "$schema": "./modules.schema.json",
+  "modules": [
+    {
+      // ルート直下のファイル（ディレクトリに属さないファイル）
+      "id": ".",
+      "name": "ルート設定",
+      "description": "MCP、mise などのルート設定ファイル",
+      "setupDescription": "プロジェクトルートの設定ファイルが適用されます",
+      "patterns": [
+        ".mcp.json",
+        ".mise.toml"
+      ]
+    },
+    {
+      "id": ".devcontainer",
+      "name": "DevContainer",
+      "description": "VS Code DevContainer、Docker-in-Docker",
+      "setupDescription": "VS Code で DevContainer を開くと自動でセットアップされます",
+      // ホワイトリスト形式: テンプレートとして配布するファイルのみを明示
+      "patterns": [
+        ".devcontainer/devcontainer.json",
+        ".devcontainer/.gitignore",
+        ".devcontainer/setup-*.sh",
+        ".devcontainer/test-*.sh",
+        ".devcontainer/.env.devcontainer.example"
+        // 除外: devcontainer.env（秘密情報）
+      ]
+    },
+    {
+      "id": ".github",
+      "name": "GitHub",
+      "description": "GitHub Actions、labeler ワークフロー",
+      "setupDescription": "PR 作成時に自動でラベル付け、Issue リンクが行われます",
+      "patterns": [
+        ".github/workflows/issue-link.yml",
+        ".github/workflows/label.yml",
+        ".github/labeler.yml"
+        // 除外: ci.yml, release.yml（リポジトリ固有のCI/CD設定）
+      ]
+    },
+    {
+      "id": ".claude",
+      "name": "Claude",
+      "description": "Claude Code のプロジェクト共通設定",
+      "setupDescription": "Claude Code のプロジェクト設定が適用されます",
+      "patterns": [
+        ".claude/settings.json"
+        // 除外: settings.local.json（個人設定）
+      ]
+    }
+  ]
+}
diff --git a/packages/create-devenv/package.json b/packages/create-devenv/package.json
index d829d8c..d1a44b7 100644
--- a/packages/create-devenv/package.json
+++ b/packages/create-devenv/package.json
@@ -30,6 +30,7 @@
     "diff": "^8.0.2",
     "giget": "^2.0.0",
     "ignore": "^7.0.5",
+    "jsonc-parser": "^3.3.1",
     "pathe": "^2.0.3",
     "tinyglobby": "^0.2.15",
     "ts-pattern": "^5.9.0",
diff --git a/packages/create-devenv/src/commands/init.ts b/packages/create-devenv/src/commands/init.ts
index 416c075..cda8bd7 100644
--- a/packages/create-devenv/src/commands/init.ts
+++ b/packages/create-devenv/src/commands/init.ts
@@ -2,14 +2,21 @@ import { existsSync, mkdirSync } from "node:fs";
 import { defineCommand } from "citty";
 import { consola } from "consola";
 import { resolve } from "pathe";
-import { getModuleById, modules } from "../modules/index";
+import {
+  defaultModules,
+  getModuleById,
+  loadModulesFile,
+  modulesFileExists,
+} from "../modules/index";
 import type {
   Answers,
   FileOperationResult,
   OverwriteStrategy,
+  TemplateModule,
 } from "../modules/schemas";
 import { promptInit } from "../prompts/init";
 import {
+  downloadTemplateToTemp,
   fetchTemplates,
   logResult,
   writeFileWithStrategy,
@@ -59,52 +66,70 @@ export const initCommand = defineCommand({
       mkdirSync(targetDir, { recursive: true });
     }
 
-    // プロンプトまたは自動選択
-    let answers: Answers;
-    if (args.yes) {
-      answers = {
-        modules: modules.map((m) => m.id),
-        overwriteStrategy: "overwrite",
-      };
-      consola.info("すべてのモジュールを自動選択しました");
-    } else {
-      answers = await promptInit();
-    }
-
-    if (answers.modules.length === 0) {
-      consola.warn("テンプレートが選択されませんでした");
-      return;
+    // テンプレートをダウンロード
+    const { templateDir, cleanup } = await downloadTemplateToTemp(targetDir);
+
+    try {
+      // modules.jsonc からモジュールを読み込み（なければデフォルト使用）
+      let moduleList: TemplateModule[];
+      if (modulesFileExists(templateDir)) {
+        const { modules: loadedModules } = await loadModulesFile(templateDir);
+        moduleList = loadedModules;
+      } else {
+        moduleList = defaultModules;
+      }
+
+      // プロンプトまたは自動選択
+      let answers: Answers;
+      if (args.yes) {
+        answers = {
+          modules: moduleList.map((m) => m.id),
+          overwriteStrategy: "overwrite",
+        };
+        consola.info("すべてのモジュールを自動選択しました");
+      } else {
+        answers = await promptInit(moduleList);
+      }
+
+      if (answers.modules.length === 0) {
+        consola.warn("テンプレートが選択されませんでした");
+        return;
+      }
+
+      const effectiveStrategy: OverwriteStrategy = args.force
+        ? "overwrite"
+        : answers.overwriteStrategy;
+
+      // テンプレート取得・適用（結果を収集）
+      const templateResults = await fetchTemplates({
+        targetDir,
+        modules: answers.modules,
+        overwriteStrategy: effectiveStrategy,
+        moduleList,
+        templateDir,
+      });
+
+      const allResults: FileOperationResult[] = [...templateResults];
+
+      // devcontainer.env.example を戦略に従って作成
+      if (answers.modules.includes("devcontainer")) {
+        const envResult = await createEnvExample(targetDir, effectiveStrategy);
+        logResult(envResult);
+        allResults.push(envResult);
+      }
+
+      // 設定ファイル生成（常に更新）
+      const configResult = await createDevEnvConfig(targetDir, answers.modules);
+      logResult(configResult);
+      allResults.push(configResult);
+
+      consola.box("セットアップ完了!");
+
+      // モジュール別の説明を表示
+      displayModuleDescriptions(answers.modules, allResults, moduleList);
+    } finally {
+      cleanup();
     }
-
-    const effectiveStrategy: OverwriteStrategy = args.force
-      ? "overwrite"
-      : answers.overwriteStrategy;
-
-    // テンプレート取得・適用（結果を収集）
-    const templateResults = await fetchTemplates({
-      targetDir,
-      modules: answers.modules,
-      overwriteStrategy: effectiveStrategy,
-    });
-
-    const allResults: FileOperationResult[] = [...templateResults];
-
-    // devcontainer.env.example を戦略に従って作成
-    if (answers.modules.includes("devcontainer")) {
-      const envResult = await createEnvExample(targetDir, effectiveStrategy);
-      logResult(envResult);
-      allResults.push(envResult);
-    }
-
-    // 設定ファイル生成（常に更新）
-    const configResult = await createDevEnvConfig(targetDir, answers.modules);
-    logResult(configResult);
-    allResults.push(configResult);
-
-    consola.box("セットアップ完了!");
-
-    // モジュール別の説明を表示
-    displayModuleDescriptions(answers.modules, allResults);
   },
 });
 
@@ -167,6 +192,7 @@ async function createDevEnvConfig(
 function displayModuleDescriptions(
   selectedModules: string[],
   fileResults: FileOperationResult[],
+  moduleList: TemplateModule[],
 ): void {
   const hasChanges = fileResults.some(
     (r) =>
@@ -182,7 +208,7 @@ function displayModuleDescriptions(
 
   consola.info("追加されたモジュール:");
   for (const moduleId of selectedModules) {
-    const mod = getModuleById(moduleId);
+    const mod = getModuleById(moduleId, moduleList);
     if (mod?.setupDescription) {
       consola.info(`  ${mod.name}: ${mod.setupDescription}`);
     }
diff --git a/packages/create-devenv/src/commands/push.ts b/packages/create-devenv/src/commands/push.ts
index 4766d83..e6af0b3 100644
--- a/packages/create-devenv/src/commands/push.ts
+++ b/packages/create-devenv/src/commands/push.ts
@@ -4,9 +4,16 @@ import { defineCommand } from "citty";
 import consola from "consola";
 import { downloadTemplate } from "giget";
 import { join, resolve } from "pathe";
-import type { DevEnvConfig } from "../modules/schemas";
+import {
+  addPatternToModulesFile,
+  defaultModules,
+  loadModulesFile,
+  modulesFileExists,
+} from "../modules";
+import type { DevEnvConfig, TemplateModule } from "../modules/schemas";
 import { configSchema } from "../modules/schemas";
 import {
+  promptAddUntrackedFiles,
   promptGitHubToken,
   promptPrBody,
   promptPrTitle,
@@ -15,8 +22,10 @@ import {
 } from "../prompts/push";
 import { detectDiff, formatDiff, getPushableFiles } from "../utils/diff";
 import { createPullRequest, getGitHubToken } from "../utils/github";
+import { detectUntrackedFiles } from "../utils/untracked";
 
 const TEMPLATE_SOURCE = "gh:tktcorporation/.github";
+const MODULES_FILE_PATH = ".devenv/modules.jsonc";
 
 export const pushCommand = defineCommand({
   meta: {
@@ -96,6 +105,56 @@ export const pushCommand = defineCommand({
         force: true,
       });
 
+      // modules.jsonc を読み込み
+      let moduleList: TemplateModule[];
+      let modulesRawContent: string | undefined;
+
+      if (modulesFileExists(templateDir)) {
+        const loaded = await loadModulesFile(templateDir);
+        moduleList = loaded.modules;
+        modulesRawContent = loaded.rawContent;
+      } else {
+        moduleList = defaultModules;
+      }
+
+      // ホワイトリスト外ファイルの検出と追加確認
+      let updatedModulesContent: string | undefined;
+
+      if (!args.force && modulesRawContent) {
+        const untrackedByFolder = await detectUntrackedFiles({
+          targetDir,
+          moduleIds: config.modules,
+          config,
+          moduleList,
+        });
+
+        if (untrackedByFolder.length > 0) {
+          const selectedFiles =
+            await promptAddUntrackedFiles(untrackedByFolder);
+
+          if (selectedFiles.length > 0) {
+            // modules.jsonc にパターンを追加（メモリ上）
+            let currentContent = modulesRawContent;
+            for (const { moduleId, files } of selectedFiles) {
+              currentContent = addPatternToModulesFile(
+                currentContent,
+                moduleId,
+                files,
+              );
+            }
+            updatedModulesContent = currentContent;
+
+            const totalAdded = selectedFiles.reduce(
+              (sum, s) => sum + s.files.length,
+              0,
+            );
+            consola.info(
+              `${totalAdded} 件のパターンを modules.jsonc に追加します（PR に含まれます）`,
+            );
+          }
+        }
+      }
+
       consola.start("差分を検出中...");
 
       // 差分検出
@@ -104,12 +163,13 @@ export const pushCommand = defineCommand({
         templateDir,
         moduleIds: config.modules,
         config,
+        moduleList,
       });
 
       // push 対象ファイルを取得
       let pushableFiles = getPushableFiles(diff);
 
-      if (pushableFiles.length === 0) {
+      if (pushableFiles.length === 0 && !updatedModulesContent) {
         consola.info("push するファイルがありません。");
         console.log();
         console.log(formatDiff(diff, false));
@@ -121,6 +181,9 @@ export const pushCommand = defineCommand({
         consola.info("[ドライラン] 以下のファイルが PR として送信されます:");
         console.log();
         console.log(formatDiff(diff, true));
+        if (updatedModulesContent) {
+          console.log(`  [+] ${MODULES_FILE_PATH} (パターン追加)`);
+        }
         console.log();
         consola.info("[ドライラン] 実際の PR は作成されませんでした。");
         return;
@@ -129,7 +192,7 @@ export const pushCommand = defineCommand({
       // ファイル選択（デフォルト動作）
       if (args.interactive && !args.force) {
         pushableFiles = await promptSelectFilesWithDiff(pushableFiles);
-        if (pushableFiles.length === 0) {
+        if (pushableFiles.length === 0 && !updatedModulesContent) {
           consola.info("ファイルが選択されませんでした。キャンセルします。");
           return;
         }
@@ -160,6 +223,14 @@ export const pushCommand = defineCommand({
         content: f.localContent || "",
       }));
 
+      // modules.jsonc の変更があれば追加
+      if (updatedModulesContent) {
+        files.push({
+          path: MODULES_FILE_PATH,
+          content: updatedModulesContent,
+        });
+      }
+
       consola.start("PR を作成中...");
 
       // PR 作成
diff --git a/packages/create-devenv/src/modules/index.ts b/packages/create-devenv/src/modules/index.ts
index 83714f9..d2fce73 100644
--- a/packages/create-devenv/src/modules/index.ts
+++ b/packages/create-devenv/src/modules/index.ts
@@ -1,76 +1,90 @@
 import type { TemplateModule } from "./schemas";
 
-export const modules: TemplateModule[] = [
+// Re-export loader functions
+export {
+  addPatternToModulesFile,
+  getModulesFilePath,
+  loadModulesFile,
+  modulesFileExists,
+  saveModulesFile,
+} from "./loader";
+
+/**
+ * デフォルトモジュール（modules.jsonc がない場合のフォールバック）
+ * モジュール ID = ディレクトリパス（ルートは "."）
+ */
+export const defaultModules: TemplateModule[] = [
+  {
+    id: ".",
+    name: "ルート設定",
+    description: "MCP、mise などのルート設定ファイル",
+    setupDescription: "プロジェクトルートの設定ファイルが適用されます",
+    patterns: [".mcp.json", ".mise.toml"],
+  },
   {
-    id: "devcontainer",
-    name: "DevContainer 設定",
-    description: "VS Code DevContainer、mise、Docker-in-Docker",
+    id: ".devcontainer",
+    name: "DevContainer",
+    description: "VS Code DevContainer、Docker-in-Docker",
     setupDescription:
       "VS Code で DevContainer を開くと自動でセットアップされます",
-    // ホワイトリスト形式: テンプレートとして配布するファイルのみを明示
     patterns: [
       ".devcontainer/devcontainer.json",
       ".devcontainer/.gitignore",
       ".devcontainer/setup-*.sh",
       ".devcontainer/test-*.sh",
-      // 除外: devcontainer.env（秘密情報）
+      ".devcontainer/.env.devcontainer.example",
     ],
   },
   {
-    id: "github-actions",
-    name: "GitHub Actions",
-    description: "issue-link、labeler ワークフロー",
+    id: ".github",
+    name: "GitHub",
+    description: "GitHub Actions、labeler ワークフロー",
     setupDescription: "PR 作成時に自動でラベル付け、Issue リンクが行われます",
     patterns: [
       ".github/workflows/issue-link.yml",
       ".github/workflows/label.yml",
       ".github/labeler.yml",
-      // 除外: ci.yml, release.yml（リポジトリ固有のCI/CD設定）
     ],
   },
   {
-    id: "mcp",
-    name: "MCP サーバー設定",
-    description: "Context7、Playwright、Chrome DevTools",
-    setupDescription: "Claude Code で MCP サーバーが自動的に利用可能になります",
-    patterns: [".mcp.json"],
-  },
-  {
-    id: "mise",
-    name: "mise 設定",
-    description: "Node.js、uv、Claude Code などのツール管理",
-    setupDescription:
-      "mise trust && mise install でツールがインストールされます",
-    patterns: [".mise.toml"],
-  },
-  {
-    id: "claude",
-    name: "Claude IDE 設定",
+    id: ".claude",
+    name: "Claude",
     description: "Claude Code のプロジェクト共通設定",
     setupDescription: "Claude Code のプロジェクト設定が適用されます",
-    patterns: [
-      ".claude/settings.json",
-      // 除外: settings.local.json（個人設定）
-    ],
+    patterns: [".claude/settings.json"],
   },
 ];
 
-export function getModuleById(id: string): TemplateModule | undefined {
-  return modules.find((m) => m.id === id);
+// 後方互換性のためのエイリアス
+export const modules = defaultModules;
+
+/**
+ * モジュールリストから ID でモジュールを取得
+ */
+export function getModuleById(
+  id: string,
+  moduleList: TemplateModule[] = defaultModules,
+): TemplateModule | undefined {
+  return moduleList.find((m) => m.id === id);
 }
 
 /**
  * 全モジュールのパターンを取得
  */
-export function getAllPatterns(): string[] {
-  return modules.flatMap((m) => m.patterns);
+export function getAllPatterns(
+  moduleList: TemplateModule[] = defaultModules,
+): string[] {
+  return moduleList.flatMap((m) => m.patterns);
 }
 
 /**
  * 指定モジュールIDのパターンを取得
  */
-export function getPatternsByModuleIds(moduleIds: string[]): string[] {
-  return modules
+export function getPatternsByModuleIds(
+  moduleIds: string[],
+  moduleList: TemplateModule[] = defaultModules,
+): string[] {
+  return moduleList
     .filter((m) => moduleIds.includes(m.id))
     .flatMap((m) => m.patterns);
 }
diff --git a/packages/create-devenv/src/modules/loader.ts b/packages/create-devenv/src/modules/loader.ts
new file mode 100644
index 0000000..7f4884f
--- /dev/null
+++ b/packages/create-devenv/src/modules/loader.ts
@@ -0,0 +1,114 @@
+import { existsSync } from "node:fs";
+import { readFile, writeFile } from "node:fs/promises";
+import { applyEdits, modify, parse } from "jsonc-parser";
+import { join } from "pathe";
+import { z } from "zod";
+import type { TemplateModule } from "./schemas";
+import { moduleSchema } from "./schemas";
+
+const MODULES_FILE = ".devenv/modules.jsonc";
+
+/**
+ * modules.jsonc のスキーマ
+ */
+const modulesFileSchema = z.object({
+  $schema: z.string().optional(),
+  modules: z.array(moduleSchema),
+});
+
+export type ModulesFile = z.infer<typeof modulesFileSchema>;
+
+/**
+ * modules.jsonc ファイルを読み込み
+ */
+export async function loadModulesFile(
+  baseDir: string,
+): Promise<{ modules: TemplateModule[]; rawContent: string }> {
+  const filePath = join(baseDir, MODULES_FILE);
+
+  if (!existsSync(filePath)) {
+    throw new Error(`${MODULES_FILE} が見つかりません: ${filePath}`);
+  }
+
+  const content = await readFile(filePath, "utf-8");
+  const parsed = parse(content);
+  const validated = modulesFileSchema.parse(parsed);
+
+  return {
+    modules: validated.modules,
+    rawContent: content,
+  };
+}
+
+/**
+ * モジュール ID からモジュールを取得
+ */
+export function getModuleByIdFromList(
+  modules: TemplateModule[],
+  id: string,
+): TemplateModule | undefined {
+  return modules.find((m) => m.id === id);
+}
+
+/**
+ * modules.jsonc にパターンを追加（コメントを保持）
+ * @returns 更新後の JSONC 文字列
+ */
+export function addPatternToModulesFile(
+  rawContent: string,
+  moduleId: string,
+  patterns: string[],
+): string {
+  // 現在のモジュールリストを取得
+  const parsed = parse(rawContent) as ModulesFile;
+  const moduleIndex = parsed.modules.findIndex((m) => m.id === moduleId);
+
+  if (moduleIndex === -1) {
+    throw new Error(`モジュール ${moduleId} が見つかりません`);
+  }
+
+  // 既存のパターンと新規パターンをマージ
+  const existingPatterns = parsed.modules[moduleIndex].patterns;
+  const newPatterns = patterns.filter((p) => !existingPatterns.includes(p));
+
+  if (newPatterns.length === 0) {
+    return rawContent;
+  }
+
+  const updatedPatterns = [...existingPatterns, ...newPatterns];
+
+  // JSONC を編集（コメントを保持）
+  const edits = modify(
+    rawContent,
+    ["modules", moduleIndex, "patterns"],
+    updatedPatterns,
+    { formattingOptions: { tabSize: 2, insertSpaces: true } },
+  );
+
+  return applyEdits(rawContent, edits);
+}
+
+/**
+ * modules.jsonc を保存
+ */
+export async function saveModulesFile(
+  baseDir: string,
+  content: string,
+): Promise<void> {
+  const filePath = join(baseDir, MODULES_FILE);
+  await writeFile(filePath, content);
+}
+
+/**
+ * モジュールファイルのパスを取得
+ */
+export function getModulesFilePath(baseDir: string): string {
+  return join(baseDir, MODULES_FILE);
+}
+
+/**
+ * modules.jsonc が存在するか確認
+ */
+export function modulesFileExists(baseDir: string): boolean {
+  return existsSync(join(baseDir, MODULES_FILE));
+}
diff --git a/packages/create-devenv/src/modules/schemas.ts b/packages/create-devenv/src/modules/schemas.ts
index dec6739..69cb8c3 100644
--- a/packages/create-devenv/src/modules/schemas.ts
+++ b/packages/create-devenv/src/modules/schemas.ts
@@ -31,7 +31,7 @@ export const moduleSchema = z.object({
 
 export type TemplateModule = z.infer<typeof moduleSchema>;
 
-// DevEnvConfig（拡張: カスタムパターン対応）
+// DevEnvConfig
 export const configSchema = z.object({
   version: z.string(),
   installedAt: z.string().datetime({ offset: true }),
@@ -41,8 +41,6 @@ export const configSchema = z.object({
     repo: z.string(),
     ref: z.string().optional(),
   }),
-  // 追加のカスタマイズ
-  customPatterns: z.record(z.string(), z.array(z.string())).optional(), // モジュールIDごとの追加パターン
   excludePatterns: z.array(z.string()).optional(), // グローバル除外パターン
 });
 
diff --git a/packages/create-devenv/src/prompts/init.ts b/packages/create-devenv/src/prompts/init.ts
index 2d84c27..55d610b 100644
--- a/packages/create-devenv/src/prompts/init.ts
+++ b/packages/create-devenv/src/prompts/init.ts
@@ -1,11 +1,17 @@
 import { checkbox, select } from "@inquirer/prompts";
-import { modules } from "../modules/index";
-import { type Answers, answersSchema } from "../modules/schemas";
+import { defaultModules } from "../modules/index";
+import {
+  type Answers,
+  answersSchema,
+  type TemplateModule,
+} from "../modules/schemas";
 
-export async function promptInit(): Promise<Answers> {
+export async function promptInit(
+  moduleList: TemplateModule[] = defaultModules,
+): Promise<Answers> {
   const selectedModules = await checkbox({
     message: "適用するテンプレートを選択してください",
-    choices: modules.map((m) => ({
+    choices: moduleList.map((m) => ({
       name: `${m.name} - ${m.description}`,
       value: m.id,
       checked: true,
diff --git a/packages/create-devenv/src/prompts/push.ts b/packages/create-devenv/src/prompts/push.ts
index e7c9652..f68f5a0 100644
--- a/packages/create-devenv/src/prompts/push.ts
+++ b/packages/create-devenv/src/prompts/push.ts
@@ -5,6 +5,12 @@ import {
   formatDiff,
   generateUnifiedDiff,
 } from "../utils/diff";
+import type { UntrackedFile, UntrackedFilesByFolder } from "../utils/untracked";
+
+export interface SelectedUntrackedFiles {
+  moduleId: string;
+  files: string[];
+}
 
 /**
  * push 実行前の確認プロンプト
@@ -114,3 +120,81 @@ export async function promptSelectFilesWithDiff(
     choices,
   });
 }
+
+/**
+ * ホワイトリスト外ファイルの追加確認プロンプト
+ * 2ステップUI: フォルダ選択 → ファイル選択
+ */
+export async function promptAddUntrackedFiles(
+  untrackedByFolder: UntrackedFilesByFolder[],
+): Promise<SelectedUntrackedFiles[]> {
+  if (untrackedByFolder.length === 0) {
+    return [];
+  }
+
+  // サマリー表示
+  console.log();
+  console.log("=== ホワイトリスト外のファイルが見つかりました ===");
+  console.log();
+  for (const { folder, files } of untrackedByFolder) {
+    console.log(`  ${folder}: ${files.length}件`);
+  }
+  console.log();
+
+  // Step 1: 詳細を確認するフォルダを選択
+  const folderChoices = untrackedByFolder.map(({ folder, files }) => ({
+    name: `${folder} (${files.length}件)`,
+    value: folder,
+    checked: true, // デフォルトで全選択
+  }));
+
+  const selectedFolders = await checkbox<string>({
+    message: "詳細を確認するフォルダを選択してください",
+    choices: folderChoices,
+  });
+
+  if (selectedFolders.length === 0) {
+    return [];
+  }
+
+  // 選択されたフォルダのファイルのみを抽出
+  const selectedFolderData = untrackedByFolder.filter((f) =>
+    selectedFolders.includes(f.folder),
+  );
+
+  // Step 2: ファイルを選択（フォルダごとにグループ化して一括表示）
+  const allFileChoices: { name: string; value: UntrackedFile }[] = [];
+
+  for (const { files } of selectedFolderData) {
+    for (const file of files) {
+      allFileChoices.push({
+        name: file.path,
+        value: file,
+      });
+    }
+  }
+
+  const selectedFiles = await checkbox<UntrackedFile>({
+    message: "push 対象に追加するファイルを選択してください",
+    choices: allFileChoices,
+  });
+
+  if (selectedFiles.length === 0) {
+    return [];
+  }
+
+  // moduleId ごとにグループ化
+  const byModuleId = new Map<string, string[]>();
+  for (const file of selectedFiles) {
+    const existing = byModuleId.get(file.moduleId) || [];
+    existing.push(file.path);
+    byModuleId.set(file.moduleId, existing);
+  }
+
+  const result: SelectedUntrackedFiles[] = [];
+  for (const [moduleId, files] of byModuleId) {
+    result.push({ moduleId, files });
+  }
+
+  return result;
+}
diff --git a/packages/create-devenv/src/utils/config.ts b/packages/create-devenv/src/utils/config.ts
new file mode 100644
index 0000000..573f818
--- /dev/null
+++ b/packages/create-devenv/src/utils/config.ts
@@ -0,0 +1,25 @@
+import { readFile, writeFile } from "node:fs/promises";
+import { join } from "pathe";
+import type { DevEnvConfig } from "../modules/schemas";
+import { configSchema } from "../modules/schemas";
+
+/**
+ * .devenv.json を読み込み
+ */
+export async function loadConfig(targetDir: string): Promise<DevEnvConfig> {
+  const configPath = join(targetDir, ".devenv.json");
+  const content = await readFile(configPath, "utf-8");
+  const data = JSON.parse(content);
+  return configSchema.parse(data);
+}
+
+/**
+ * .devenv.json を保存
+ */
+export async function saveConfig(
+  targetDir: string,
+  config: DevEnvConfig,
+): Promise<void> {
+  const configPath = join(targetDir, ".devenv.json");
+  await writeFile(configPath, `${JSON.stringify(config, null, 2)}\n`);
+}
diff --git a/packages/create-devenv/src/utils/diff.ts b/packages/create-devenv/src/utils/diff.ts
index 63bd993..3066a05 100644
--- a/packages/create-devenv/src/utils/diff.ts
+++ b/packages/create-devenv/src/utils/diff.ts
@@ -3,12 +3,13 @@ import { readFile } from "node:fs/promises";
 import consola from "consola";
 import { createPatch } from "diff";
 import { join } from "pathe";
-import { getModuleById } from "../modules";
+import { defaultModules, getModuleById } from "../modules";
 import type {
   DevEnvConfig,
   DiffResult,
   DiffType,
   FileDiff,
+  TemplateModule,
 } from "../modules/schemas";
 import { filterByGitignore, loadMergedGitignore } from "./gitignore";
 import { getEffectivePatterns, resolvePatterns } from "./patterns";
@@ -18,13 +19,20 @@ export interface DiffOptions {
   templateDir: string;
   moduleIds: string[];
   config?: DevEnvConfig;
+  moduleList?: TemplateModule[];
 }
 
 /**
  * ローカルとテンプレート間の差分を検出
  */
 export async function detectDiff(options: DiffOptions): Promise<DiffResult> {
-  const { targetDir, templateDir, moduleIds, config } = options;
+  const {
+    targetDir,
+    templateDir,
+    moduleIds,
+    config,
+    moduleList = defaultModules,
+  } = options;
 
   const files: FileDiff[] = [];
   let added = 0;
@@ -37,13 +45,13 @@ export async function detectDiff(options: DiffOptions): Promise<DiffResult> {
   const gitignore = await loadMergedGitignore([targetDir, templateDir]);
 
   for (const moduleId of moduleIds) {
-    const mod = getModuleById(moduleId);
+    const mod = getModuleById(moduleId, moduleList);
     if (!mod) {
       consola.warn(`モジュール "${moduleId}" が見つかりません`);
       continue;
     }
 
-    // 有効なパターンを取得（カスタムパターン考慮）
+    // 有効なパターンを取得
     const patterns = getEffectivePatterns(moduleId, mod.patterns, config);
 
     // テンプレート側のファイル一覧を取得し、gitignore でフィルタリング
diff --git a/packages/create-devenv/src/utils/patterns.ts b/packages/create-devenv/src/utils/patterns.ts
index 2b5d651..8df4533 100644
--- a/packages/create-devenv/src/utils/patterns.ts
+++ b/packages/create-devenv/src/utils/patterns.ts
@@ -45,15 +45,12 @@ function isGlobPattern(pattern: string): boolean {
 }
 
 /**
- * モジュールの全パターンを結合（customPatterns 考慮）
+ * パターン配列を結合（重複排除）
  */
-export function mergePatterns(
-  modulePatterns: string[],
-  customPatterns?: string[],
-): string[] {
-  const merged = [...modulePatterns];
-  if (customPatterns) {
-    merged.push(...customPatterns);
+export function mergePatterns(...patternArrays: string[][]): string[] {
+  const merged: string[] = [];
+  for (const patterns of patternArrays) {
+    merged.push(...patterns);
   }
   return [...new Set(merged)]; // 重複排除
 }
@@ -75,14 +72,11 @@ export function filterByExcludePatterns(
  * 設定からモジュールの有効パターンを取得
  */
 export function getEffectivePatterns(
-  moduleId: string,
+  _moduleId: string,
   modulePatterns: string[],
   config?: DevEnvConfig,
 ): string[] {
-  const customPatterns = config?.customPatterns?.[moduleId] as
-    | string[]
-    | undefined;
-  let patterns = mergePatterns(modulePatterns, customPatterns);
+  let patterns = [...modulePatterns];
 
   // グローバル除外パターンを適用
   if (config?.excludePatterns) {
diff --git a/packages/create-devenv/src/utils/template.ts b/packages/create-devenv/src/utils/template.ts
index 9049759..84f82a1 100644
--- a/packages/create-devenv/src/utils/template.ts
+++ b/packages/create-devenv/src/utils/template.ts
@@ -15,20 +15,49 @@ import type {
   DevEnvConfig,
   FileOperationResult,
   OverwriteStrategy,
+  TemplateModule,
 } from "../modules/schemas";
 import { filterByGitignore, loadMergedGitignore } from "./gitignore";
 import { getEffectivePatterns, resolvePatterns } from "./patterns";
 
-const TEMPLATE_SOURCE = "gh:tktcorporation/.github";
+export const TEMPLATE_SOURCE = "gh:tktcorporation/.github";
 
 // 後方互換性のためのエイリアス
 export type CopyResult = FileOperationResult;
 
+/**
+ * テンプレートをダウンロードして一時ディレクトリのパスを返す
+ */
+export async function downloadTemplateToTemp(
+  targetDir: string,
+): Promise<{ templateDir: string; cleanup: () => void }> {
+  const tempDir = join(targetDir, ".devenv-temp");
+
+  consola.start("テンプレートを取得中...");
+
+  const { dir: templateDir } = await downloadTemplate(TEMPLATE_SOURCE, {
+    dir: tempDir,
+    force: true,
+  });
+
+  consola.success("テンプレートを取得しました");
+
+  const cleanup = () => {
+    if (existsSync(tempDir)) {
+      rmSync(tempDir, { recursive: true, force: true });
+    }
+  };
+
+  return { templateDir, cleanup };
+}
+
 export interface DownloadOptions {
   targetDir: string;
   modules: string[];
   overwriteStrategy: OverwriteStrategy;
   config?: DevEnvConfig;
+  moduleList?: TemplateModule[]; // 外部からロードしたモジュールリスト
+  templateDir?: string; // 事前にダウンロードしたテンプレートディレクトリ
 }
 
 export interface WriteFileOptions {
@@ -86,21 +115,36 @@ export async function writeFileWithStrategy(
 export async function fetchTemplates(
   options: DownloadOptions,
 ): Promise<FileOperationResult[]> {
-  const { targetDir, modules, overwriteStrategy, config } = options;
+  const {
+    targetDir,
+    modules,
+    overwriteStrategy,
+    config,
+    moduleList,
+    templateDir: preDownloadedDir,
+  } = options;
   const allResults: FileOperationResult[] = [];
 
-  // 一時ディレクトリにテンプレートをダウンロード
+  // 事前ダウンロード済みか、新規ダウンロードか
+  const shouldDownload = !preDownloadedDir;
   const tempDir = join(targetDir, ".devenv-temp");
 
+  let templateDir: string;
+
   try {
-    consola.start("テンプレートを取得中...");
+    if (shouldDownload) {
+      consola.start("テンプレートを取得中...");
 
-    const { dir: templateDir } = await downloadTemplate(TEMPLATE_SOURCE, {
-      dir: tempDir,
-      force: true,
-    });
+      const result = await downloadTemplate(TEMPLATE_SOURCE, {
+        dir: tempDir,
+        force: true,
+      });
+      templateDir = result.dir;
 
-    consola.success("テンプレートを取得しました");
+      consola.success("テンプレートを取得しました");
+    } else {
+      templateDir = preDownloadedDir;
+    }
 
     // ローカルとテンプレート両方の .gitignore をマージして読み込み
     // クレデンシャル等の機密情報の誤流出を防止
@@ -108,10 +152,13 @@ export async function fetchTemplates(
 
     // 選択されたモジュールのファイルをパターンベースでコピー
     for (const moduleId of modules) {
-      const moduleDef = getModuleById(moduleId);
+      // moduleList が指定されていればそちらから、なければデフォルトから取得
+      const moduleDef = moduleList
+        ? moduleList.find((m) => m.id === moduleId)
+        : getModuleById(moduleId);
       if (!moduleDef) continue;
 
-      // 有効なパターンを取得（カスタムパターン考慮）
+      // 有効なパターンを取得
       const patterns = getEffectivePatterns(
         moduleId,
         moduleDef.patterns,
@@ -145,8 +192,8 @@ export async function fetchTemplates(
       }
     }
   } finally {
-    // 一時ディレクトリを削除
-    if (existsSync(tempDir)) {
+    // 新規ダウンロードした場合のみ一時ディレクトリを削除
+    if (shouldDownload && existsSync(tempDir)) {
       rmSync(tempDir, { recursive: true, force: true });
     }
   }
diff --git a/packages/create-devenv/src/utils/untracked.ts b/packages/create-devenv/src/utils/untracked.ts
new file mode 100644
index 0000000..d486ef8
--- /dev/null
+++ b/packages/create-devenv/src/utils/untracked.ts
@@ -0,0 +1,238 @@
+import { existsSync } from "node:fs";
+import { readFile } from "node:fs/promises";
+import ignore, { type Ignore } from "ignore";
+import { join } from "pathe";
+import { globSync } from "tinyglobby";
+import { defaultModules, getModuleById } from "../modules";
+import type { DevEnvConfig, TemplateModule } from "../modules/schemas";
+import { getEffectivePatterns, resolvePatterns } from "./patterns";
+
+export interface UntrackedFile {
+  path: string;
+  folder: string;
+  moduleId: string; // modules.jsonc にパターンを追加する際に必要
+}
+
+export interface UntrackedFilesByFolder {
+  folder: string;
+  files: UntrackedFile[];
+}
+
+/**
+ * ファイルパスからモジュール ID を取得
+ * モジュール ID = ディレクトリパス（ルートは "."）
+ *
+ * 例:
+ *   ".devcontainer/file.json" → ".devcontainer"
+ *   ".mcp.json" → "."
+ *   ".github/workflows/ci.yml" → ".github"
+ */
+export function getModuleIdFromPath(filePath: string): string {
+  const parts = filePath.split("/");
+  if (parts.length === 1) {
+    return "."; // ルート直下のファイル
+  }
+  return parts[0]; // 最初のディレクトリ
+}
+
+/**
+ * 後方互換性のため: フォルダ名を表示用に取得
+ * "." は "root" として表示
+ */
+export function getDisplayFolder(moduleId: string): string {
+  return moduleId === "." ? "root" : moduleId;
+}
+
+/**
+ * モジュールのベースディレクトリを取得
+ * モジュール ID がそのままディレクトリパスになる
+ */
+export function getModuleBaseDir(moduleId: string): string | null {
+  if (moduleId === ".") {
+    return null; // ルートはディレクトリではない
+  }
+  return moduleId;
+}
+
+/**
+ * ディレクトリ内の全ファイルを取得
+ */
+export function getAllFilesInDirs(baseDir: string, dirs: string[]): string[] {
+  if (dirs.length === 0) return [];
+
+  const patterns = dirs.map((d) => `${d}/**/*`);
+  return globSync(patterns, {
+    cwd: baseDir,
+    dot: true,
+    onlyFiles: true,
+  }).sort();
+}
+
+/**
+ * ルート直下の隠しファイルを取得
+ */
+export function getRootDotFiles(baseDir: string): string[] {
+  return globSync([".*"], {
+    cwd: baseDir,
+    dot: true,
+    onlyFiles: true,
+  }).sort();
+}
+
+/**
+ * 複数ディレクトリの .gitignore をマージして読み込み
+ * サブディレクトリの .gitignore も含める
+ */
+export async function loadAllGitignores(
+  baseDir: string,
+  dirs: string[],
+): Promise<Ignore> {
+  const ig = ignore();
+
+  // ルートの .gitignore
+  const rootGitignore = join(baseDir, ".gitignore");
+  if (existsSync(rootGitignore)) {
+    const content = await readFile(rootGitignore, "utf-8");
+    ig.add(content);
+  }
+
+  // 各ディレクトリの .gitignore
+  for (const dir of dirs) {
+    const gitignorePath = join(baseDir, dir, ".gitignore");
+    if (existsSync(gitignorePath)) {
+      const content = await readFile(gitignorePath, "utf-8");
+      // ディレクトリ相対のパスを絶対パスに変換するため、各パターンにプレフィックスを追加
+      const prefixedContent = content
+        .split("\n")
+        .map((line) => {
+          const trimmed = line.trim();
+          // コメント行や空行はそのまま
+          if (!trimmed || trimmed.startsWith("#")) return line;
+          // 否定パターンの場合
+          if (trimmed.startsWith("!")) {
+            return `!${dir}/${trimmed.slice(1)}`;
+          }
+          return `${dir}/${trimmed}`;
+        })
+        .join("\n");
+      ig.add(prefixedContent);
+    }
+  }
+
+  return ig;
+}
+
+/**
+ * ホワイトリスト外のファイルをフォルダごとに検出
+ */
+export async function detectUntrackedFiles(options: {
+  targetDir: string;
+  moduleIds: string[];
+  config?: DevEnvConfig;
+  moduleList?: TemplateModule[];
+}): Promise<UntrackedFilesByFolder[]> {
+  const { targetDir, moduleIds, config, moduleList = defaultModules } = options;
+
+  // インストール済みモジュール ID のセット
+  const installedModuleIds = new Set(moduleIds);
+
+  // 全モジュールのベースディレクトリを収集（"." 以外）
+  const allBaseDirs: string[] = [];
+  // 全モジュールのホワイトリスト済みファイル
+  const allTrackedFiles = new Set<string>();
+  // ルートモジュール（"."）がインストールされているか
+  let hasRootModule = false;
+
+  for (const moduleId of moduleIds) {
+    const mod = getModuleById(moduleId, moduleList);
+    if (!mod) continue;
+
+    const baseDir = getModuleBaseDir(moduleId);
+    if (baseDir) {
+      allBaseDirs.push(baseDir);
+    } else {
+      hasRootModule = true;
+    }
+
+    // ホワイトリスト済みファイルを収集
+    const effectivePatterns = getEffectivePatterns(
+      moduleId,
+      mod.patterns,
+      config,
+    );
+    const trackedFiles = resolvePatterns(targetDir, effectivePatterns);
+    for (const file of trackedFiles) {
+      allTrackedFiles.add(file);
+    }
+  }
+
+  // gitignore を読み込み
+  const gitignore = await loadAllGitignores(targetDir, allBaseDirs);
+
+  // ディレクトリ内の全ファイルを取得
+  const allDirFiles = getAllFilesInDirs(targetDir, allBaseDirs);
+  const filteredDirFiles = gitignore.filter(allDirFiles);
+
+  // ルート直下のファイルを取得（ルートモジュールがインストールされている場合のみ）
+  const filteredRootFiles = hasRootModule
+    ? gitignore.filter(getRootDotFiles(targetDir))
+    : [];
+
+  // 全ファイルをマージ（重複なし）
+  const allFiles = new Set([...filteredDirFiles, ...filteredRootFiles]);
+
+  // フォルダごとにグループ化
+  const filesByFolder = new Map<string, UntrackedFile[]>();
+
+  for (const filePath of allFiles) {
+    // ホワイトリストに含まれていればスキップ
+    if (allTrackedFiles.has(filePath)) continue;
+
+    // ファイルパスからモジュール ID を導出
+    const moduleId = getModuleIdFromPath(filePath);
+
+    // インストール済みモジュールに属さないファイルはスキップ
+    if (!installedModuleIds.has(moduleId)) continue;
+
+    const displayFolder = getDisplayFolder(moduleId);
+    const file: UntrackedFile = {
+      path: filePath,
+      folder: displayFolder,
+      moduleId,
+    };
+
+    const existing = filesByFolder.get(displayFolder) || [];
+    existing.push(file);
+    filesByFolder.set(displayFolder, existing);
+  }
+
+  // 結果を配列に変換（フォルダ名でソート）
+  const result: UntrackedFilesByFolder[] = [];
+  const sortedFolders = Array.from(filesByFolder.keys()).sort((a, b) => {
+    // root は最後に
+    if (a === "root") return 1;
+    if (b === "root") return -1;
+    return a.localeCompare(b);
+  });
+
+  for (const folder of sortedFolders) {
+    const files = filesByFolder.get(folder) || [];
+    if (files.length > 0) {
+      result.push({
+        folder,
+        files: files.sort((a, b) => a.path.localeCompare(b.path)),
+      });
+    }
+  }
+
+  return result;
+}
+
+/**
+ * 全フォルダの未追跡ファイル数を取得
+ */
+export function getTotalUntrackedCount(
+  untrackedByFolder: UntrackedFilesByFolder[],
+): number {
+  return untrackedByFolder.reduce((sum, f) => sum + f.files.length, 0);
+}
diff --git a/pnpm-lock.yaml b/pnpm-lock.yaml
index 9d4bc0a..854e9ef 100644
--- a/pnpm-lock.yaml
+++ b/pnpm-lock.yaml
@@ -44,6 +44,9 @@ importers:
       ignore:
         specifier: ^7.0.5
         version: 7.0.5
+      jsonc-parser:
+        specifier: ^3.3.1
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