Adicionando código escrito até agora

Mxrcon · web-flow · commit aa4fb80106d4 · 2020-02-03T10:50:13.000-03:00
diff --git a/seletordecds.py b/seletordecds.py
@@ -0,0 +1,55 @@
+"""     O objetivo deste script é remover CDS não desejadas, 
+	ao determinar quais as CDS que você deseja manter no
+	GBK. Para isso devem ser utilizados arquivos GBK full
+	devidamente anotados.
+	
+	python a.py 1 2 3
+	1 = nome da pasta com os gbk input
+	2 = nome da pasta para os outputs
+	3 = nome da lista com os genes para serem mantidos
+
+	OBS: A formatação dos genes deve ser mantida de forma
+	simples, apenas uma sigla de gene por linha, que não 
+	deve conter aspas ou espaço.	
+
+	Desenvolvido por Davi J. Marcon
+	Email: Davijosuemarcon@gmail.com
+"""
+
+from Bio import SeqIO
+import sys
+import os
+
+
+#Determinando os inputs e outputs
+entrada = sys.argv[1]
+saida = sys.argv[2]
+Lista = [line.rstrip('\n') for line in open(sys.argv[3])]
+
+#abrindo os inputs
+for i in os.listdir(entrada):
+	open(entrada+"/"+i)
+
+#conta o numero de gbs
+list = os.listdir(entrada)
+number_files = len(list)
+print("Foram encontrados" , (number_files), "arquivos")
+
+#cria  a pasta de outputs
+if not os.path.exists(saida):
+    os.makedirs(saida)
+
+
+#Executando código
+for i in os.listdir(entrada): 
+	X = []
+	for seq_record in SeqIO.parse(entrada+"/"+i , 'genbank'):
+		for feature in seq_record.features:
+			if feature.type == "CDS" and "gene" in feature.qualifiers:
+				gene = feature.qualifiers['gene'][0]
+				if gene in Lista:
+					X.append(feature)
+					seq_record.features = X
+	print("Gerando output para: "+i)
+	SeqIO.write (seq_record, saida+"/"+i, 'genbank')
+
