diff --git a/src/log.cc b/src/log.cc
index 3400a33dd43..a6ae56f6e01 100644
--- a/src/log.cc
+++ b/src/log.cc
@@ -182,6 +182,7 @@ void apply_log_spec(const char *spec) {
     }
   }
   free(env);
+  log_modules->clear();
 }
 
 void apply_log_spec_from_env() {