geftools 对于来源于 stereo-seq 某些 gem 数据,可能会出现一些溢出错误
(st) PS D:\Rust\geftools_rs> & E:/Anaconda_envs/envs/st/python.exe d:/Rust/geftools_rs/gem2gef_bgi_bug.py
geneID x y MIDCount ExonCount
5
create bgef file: out/Y00855N1_bgi.bgef
can not find sn info from input file out/Y00855N1.tissue.gem.gz
bin 1 matrix: min_x=0 len_x=-2147483648 min_y=0 len_y=-2147483648 matrix_len=0本代码仓库使用 rust 重写了 geftools 的部分内容。开发过程中主要参考了:
使用说明
cargo build --release(base) william_han@192 geftools_rs % target/release/gem2gef -h
Usage: gem2gef [OPTIONS]
Options:
-i, --input <INPUT> 输入 GEM 或 GEM.GZ [default: test10000.gem.gz]
-o, --output <OUTPUT> 输出 bGEF (HDF5) [default: dummy.bgef]
-b, --bins <BINS> 逗号分隔的 bin 列表 [default: 1,20,50,100]
--resolution <RESOLUTION> 顶层属性:resolution [default: 500]
-h, --help Print help