公共データベース（SRA）のヒト WGS ペアエンドリードを
UCSC hs1（T2T-CHM13v2.0）リファレンスにマッピングし、
重複除去済み BAM と QC を自動で生成するパイプラインです。

本来の目的は「統合失調症患者・健常者ニューロンの WGS を T2T にマッピングし、
転移因子（Transposable Elements; TE）解析につなげること」ですが、
任意のヒト WGS（SRA アクセッション）に対して利用可能な構成になっています。 TE 解析に先立って行う前処理（トリミング・T2T へのマッピング）および 品質管理（重複除去・flagstat など）を複数サンプルに対して一括実行するための パイプラインを提供します。

• ジョブスケジューラ: Sun Grid Engine (SGE, qsub) -Sun Grid Engine (SGE) 環境を想定 -キュー名や並列環境名は各自のクラスター設定に合わせて変更してください。
• コンテナ環境: Singularity（または Apptainer）
• Singularity イメージ（パスは config/config.sh で指定）
  • sratools.sif (prefetch, fasterq-dump)
  • bwa.sif
  • samtools.sif
  • picard.sif
  • trim_galore.sif
• T2T リファレンスゲノム
  • UCSC から hs1.fa.gz を取得し展開後、T2T-hs1.fa にリネーム

T2T_pipeline/
  README.md
  .gitignore
  config/
    config.example.sh   # テンプレート
    # config.sh         # 自分の環境用（Git 管理外）
  samples/
    samples.tsv         # サンプル一覧 (sample_id, group)
    # control.txt / patient.txt などは任意で追加
  scripts/
    run_sample_sge.sh   # 1サンプル分のパイプライン本体
    submit_array_sge.sh # SGE 配列ジョブ投入用ラッパー
  work/
    raw_sra/
    fastq/
    trimmed/
    bam/
      final/
    qc/
      metrics/
    logs/