Detecte os arquivos r.x.z.mca onde se encontram suas construções.
Você tem um mapa que foi gerado em uma versão 1.x.x e saiu uma atualização, você atualiza mas os novos itens, biomas, vilas não estão próximos de sua casa mesmo que você otimize seu mundo para a versão atual.
As novidades da atualização são geradas em áreas que você ainda não explorou.
Use este app para identificar em quais arquivos de região r.x.z.mca estão suas construções e apague os outros arquivos, isso fará com que as outras áreas seja atualizadas.