nf-core linting parsing emit output as path #3842
Description
Description of the bug
As seen here, nf-core modules lint is parsing the emit name as a path (in my case, the emit is called pathway_abundances
Command used and terminal output
$ nf-core modules lint picrust2/pipeline
╭─ [✗] 1 Module Test Failed ───────────────────────────────────────────────────╮
│ ╷ ╷ │
│ Module name │ File path │ Test message │
│╶───────────────────┼────────────────────────────┼───────────────────────────╴│
│ picrust2/pipeline │ modules/nf-core/picrust2/… │ correct_meta_outputs: │
│ │ │ Module meta.yml does not │
│ │ │ match main.nf. Outputs │
│ │ │ should contain: │
│ │ │ {'output_dir': [['meta', │
│ │ │ '${prefix}/']], 'trees': │
│ │ │ [['meta', │
│ │ │ '${prefix}/_reduced.tre']] │
│ │ │ , 'function_abundances': │
│ │ │ [['meta', │
│ │ │ '${prefix}/_metagenome_out │
│ │ │ /pred_metagenome_unstrat.t │
│ │ │ sv.gz']], │
│ │ │ 'pathway_abundances': │
│ │ │ [['meta', │
│ │ │ '${prefix}/pathways_out/pa │
│ │ │ th_abun_unstrat.tsv.gz', │
│ │ │ 'way_abundances']], │
│ │ │ 'versions': │
│ │ │ ['versions.yml']} Run │
│ │ │ nf-core modules lint --fix │
│ │ │ to update the meta.yml │
│ │ │ file. │
│ ╵ ╵ │
╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯System information
Nextflow 25.04.8
nf-core tools 3.4.1