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对话式全片病理（WSI）阅片 agent —— 对整张切片提问，输出带证据链的研究级分析报告。
针对通用模型病理垂域识别能力不足、垂域模型证据链编排困难的问题，基于 Pi-Agent 开发面向病理阅片场景的多模态智能体，支持任意 WSI 的对话式提问与可溯源报告。
| 工具 | 作用 |
|---|---|
scan_overview |
低倍全览：缩略图 + 组织掩膜 + 候选网格 |
detect_roi |
按打分挑候选 ROI，返回 region_ref |
perceive |
单次「切块 + 批量 VLM 描述」 |
verify_region |
带假设的复核：对某区域问「是否见到 X」，返回 支持/质疑/不确定 |
query_clinical |
临床信息检索 |
query_knowledge |
知识库检索 |
retrieve_similar_case |
相似病例检索 |
analyze_evidence |
决策层：把全部证据交给 LLM 做病例级判断 |
counterfactual |
反事实：剔除某条证据看结论是否翻转 |
generate_report |
收尾：产出结构化报告 |
报告是一个纯数据的 Report 对象：
export interface Report {
primary_diagnosis: string
confidence: number
differential: DifferentialDiagnosis[] // 鉴别诊断：诊断 + 支持证据 + 反对证据 + 置信
evidence_graph: EvidenceGraph // { nodes: EvidenceNode[]; edges: EvidenceEdge[] }
uncertainty?: Uncertainty // 证据冲突/不足时的显式「待评估」，而非免责声明
}
export type EvidenceRelation = 'supports' | 'contradicts' | 'excludes' | 'refines'每条证据节点都带 source：工具名、coords（x/y/w/h + 倍率 + 打分）、magnification、模型名，以及 stub / degenerate / fallback 等降级标记——被标记的观察不进投票。
git clone --recurse-submodules https://github.com/Golden-Promise/pathask.git
cd pathask
npm install
cp .env.example .env # 按需填写端点与 key
npm run typecheck # tsc --noEmit
npm run dev # 离线脚本化闭环环境要求（Node 版本、Python / OpenSlide、模型端点）见 REQUIREMENTS.md。
TS 调不动 OpenSlide（Python 库），所以有一个 FastAPI 薄桥：
pip install -r wsi-bridge/requirements.txt # openslide-python / fastapi / uvicorn
PATHASK_WSI_REGISTRY=wsilist.json python wsi-bridge/server.py # 默认 http://127.0.0.1:8787PATHASK_WSI_REGISTRY 是必需的，缺了服务直接退出（登记表格式见 wsi-bridge/README.md）。
登记表与切片文件都不在本仓库——请自备切片并向对应数据源申请访问（见 THIRD_PARTY_NOTICES.md）。
| 角色 | 用途 | 默认端点 | 默认 model id | 环境变量 |
|---|---|---|---|---|
| 决策 / 编排 LLM | 纯文本：编排循环 + 病例级判断 | 本地 vLLM http://127.0.0.1:8014/v1 |
qwen3-8b |
PATHASK_LLM_BASE_URL / PATHASK_LLM_MODEL |
| 病理 VLM | 读图：形态学描述与复核 | 本地 vLLM http://127.0.0.1:8012/v1 |
patho-r1-7b |
VLLM_BASE_URL / VLLM_MODEL |
两者都是可替换的 OpenAI 兼容端点——自建 vLLM、硅基流动或其他托管服务皆可。默认值是回环占位地址（本仓库不携带任何内网地址），请改成你自己的部署。
| 文件 | 内容 |
|---|---|
REQUIREMENTS.md |
运行与部署要求（Node / Python / OpenSlide / 模型端点） |
THIRD_PARTY_NOTICES.md |
用到的第三方代码、数据与模型，及其入口链接 |
CHANGELOG.md |
变更记录 |
LICENSE |
MIT |