multi_pacs_query17_exclude

Skrypt do wykonywania zapytań DICOM C-FIND na serwerach PACS z obsługą filtrowania modalności, wykluczania wybranych badań i zapisem wyników do CSV.

Opis (PL)

Skrypt służy do wykonywania zapytań C-FIND (DICOM) na serwerach PACS w celu pobrania informacji o badaniach i seriach obrazów.
Obsługuje równoległe zapytania do wielu serwerów, filtrowanie badań wg modalności (--modality) oraz wykluczanie modalności (--exclude).
Wyniki są zapisywane w pliku CSV zawierającym listę badań oraz brakujących serii.

Funkcje główne

• load_servers – ładuje konfigurację serwerów z pliku .cfg
• query_server – wykonuje zapytanie C-FIND na poziomie STUDY
• query_study_series – pobiera listę serii (SERIES level)
• query_server_with_4h_blocks – dzieli zapytania na 4-godzinne bloki przy dużej liczbie wyników
• filter_study – filtruje badania wg modalności
• process_server – pobiera badania i serie z serwera, zwraca w ustrukturyzowanej formie
• main – zarządza logiką działania skryptu, zapisuje dane do CSV

Parametry

• --start_date YYYYMMDD – data początkowa
• --end_date YYYYMMDD – data końcowa
• --modality – lista modalności do filtrowania (domyślnie NONE = wszystkie)
• --exclude – lista modalności do wykluczenia
• --cfg – plik konfiguracyjny z listą serwerów PACS
• --output – plik wynikowy CSV
• --aet – lokalny AET (Application Entity Title)

Wymagania

• Python 3.9 lub nowszy
• Biblioteki:
  • pynetdicom
  • pydicom
  • argparse (wbudowane w Python)

Instalacja zależności

pip install pynetdicom pydicom

---

Python script for performing DICOM C-FIND queries on PACS servers with modality filtering, exclusion options, and CSV results export.

Description (EN)

The script performs C-FIND (DICOM) queries on PACS servers to retrieve information about studies and image series.
It supports parallel queries to multiple servers, filtering studies by modality (--modality), and excluding specific modalities (--exclude).
The results are saved in a CSV file containing a list of studies and missing series.

Main functions

• load_servers – load server configuration from .cfg file
• query_server – perform C-FIND query at STUDY level
• query_study_series – retrieve series list (SERIES level)
• query_server_with_4h_blocks – split queries into 4-hour blocks if too many results
• filter_study – filter studies by modalities
• process_server – fetch studies and series from a server and return structured data
• main – orchestrates script execution and writes results to CSV

Parameters

• --start_date YYYYMMDD – start date
• --end_date YYYYMMDD – end date
• --modality – list of modalities to include (default NONE = all)
• --exclude – list of modalities to exclude
• --cfg – config file with PACS servers list
• --output – output CSV file
• --aet – local AET (Application Entity Title)

Requirements

• Python 3.9 or newer
• Libraries:
  • pynetdicom
  • pydicom
  • argparse (built into Python)

Installing dependencies

pip install pynetdicom pydicom