Проект группы студентов КФУ лаборатории Хемоинформатика и молекулярное моделирование.
Проект дает возможность проводить операции с последовательностями ДНК и РНК in pythonic way.
Для установки запустите следующую команду
pip install pycodonПока разработано два класса: Sequence и Metasequence.
Metasequence - класс, экземпляр которого содержит в себе все последовательности нуклеотидов с учетом их неоднозначности, причем в графовом виде. Экземпляр Metasequence подходит как для ДНК, так и для РНК.
Методы Metasequence
- Создание всех возможных последовательностей посредством обработки неоднозначных нуклеотидов:
metaseq.make_sequences()- Поиск позиций неоднозначных нуклетидов
metaseq.ambiguous_nucleotides()- Расчет длины последовательности:
metaseq.count_nucleotides()Sequence - класс, экземпляр которого является строко-подобным, содержит в себе строго одну последовательность нуклеотидов, исключая неоднозначности, что позволяет расширить функционал строк с учетом необходимости проведения различных модернизаций: транскрипций, трансляций, расчета рамок считывания и т.д.
Методы Sequence
- Транскрипция последовательности, как из ДНК в РНК, так и наоброт:
seq.transcription()- Расчет количества каждого нуклеотида в последовательности:
seq.nucleotide_counter- Поиск рамки считывания ДНК последовательности:
seq.make_frames()- Трансляция последовательности в белок:
seq.protein- Длина белковой последовательности:
seq.aminoacids()Для чтения файлов используйте функцию
from pycodon import read_file
read_file('path/to/file')